突发紧急事件，例如传染病、洪涝、地震、公共紧急事件等，对于社会影响之大、涉及时间之长、空间之广，已经不是单一政府职能部门可以解决的问题，需要调动和协调社会各方面力量，统一领导，积极行动。为了保障政府和其他应急力量在紧急事件的处理过程中，快速、及时、准确地收集到应急信息，通过多种方式进行高效地沟通、为领导提供科学的辅助决策信息，充分利用信息技术和控制技术，是应急指挥系统的主要任务。应急指挥系统主要面向各级政府部门，实现了紧急突发事件处理的全过程跟踪和支持：从突发事件的上报、相关数据的采集、紧急程度的判断、实时沟通、联动指挥、应急现场支持、领导辅助决策。
突发公共事件应急指挥与决策系统是一项结构复杂、技术难度较大、功能强、涉及面广的信息建设工程，为确保工程达到预期的目地，工程建设应遵循实用性、可靠性、经济性和先进性的基本原则，具体体现在：
（1）坚持统一的组织领导，成立系统建设领导小组和办公室，提供强有力的组织保证。
（3）系统建设应遵循“整体布局、分步实施、实用先进”的原则。以应用为驱动，在充分利用现有设施和资源的条件下，力求高起点，既满足近期需求，又适应长远发展的需要。
（4）坚持标准化与开放性原则。充分考虑现代信息技术的飞速发展，适应未来功能升级的要求，使系统具有开放性、兼容性、扩展性，系统建设应优先选择符合开放性和国际标准化的产品和技术，在应用开发中，数据规范、指标代码体系、接口标准都应该遵循国家规范要求。
（5）坚持确保安全原则。系统设计及建设根据要求达到相应安全级别，确保系统运行有高度的可靠性和安全性。
（6）坚持跟踪、反馈、更新、完善的原则，使系统不断贴近生产实践的需要。
（1） 以突发公共事件应急需求为目标，进行建设、培训和运行，使系统真正发挥作用。
3.2系统的总体结构

1．总值信息系统
1) 紧急事件报送：职能部门通过相关系统，将紧急事件的信息和相关指令发送到上级机关和相关的职能部门，并及时沟通，保证紧急事件的时效性和全面性。
2) 多元信息汇总：充分运用现有的通信技术，如因特网技术、传真、电话、手机、短信、视频和音频会议等信息处理技术，构建多点立体的公共信息采集系统。
3) 信息发布：将突发事件相关的数据和文档公开发布，保证紧急突发事件处理的开放和透明度。
4) 关联搜索：从相关的内部应用系统、特定功能系统或互联网上，搜索并智能关联与突发事件最相关的文档，建立资源储备。
2．应急决策指挥系统
1) 应急访问接入：提供应急访问接入“绿色通道”，快速接入应急事件，迅速启动应急指挥机制进行处理。
2) 预警监测：对于突发公共事件，及时预警，同时开展监控，准确、动态、实时监测态势的变化
3) 决策支持：充分利用现在计算机手段，通过科学模型与方法库知识，进行分析与宏观决策，为指挥决策者提供高效可信的决策依据。
4) 专家定位与咨询：迅速定位相关领域专家，咨询求证，群策群力解决问题。
5) 远程会议：跨越空间障碍，缩短时耗，召开远程会议，统一研讨并部署相关工作，快速进入应急状态。
6) 指挥调度：启动应急指挥预案程序，指挥调度医疗救护、现场处置、监督检查、监测检验等有关物资、设备、设施、技术与人才资源储备。
7) 通过应急指挥系统指挥员可以通过GIS系统了解事故发生地的地理位置、交通状况、地形情况、周围人口数据、消防设施情况等事件发生地的情况，根据联络组的联络情况，标绘人员可以将事态运行状况动态标绘到GIS系统，并根据指挥员要求调出相关数据并在GIS系统上显示，为指挥员调度提供图形和文字信息资料，在有无线通讯和网络应用的基础上，可显示和播放现场传送的声、视频信息。
3. 资源（知识）管理平台：包含预案库、专家库、人力资源、知识库、后勤保障库、历史事件库。
主要用于维护、查询、统计各类数据库的相关数据；针对由各专业系统的模拟、评价和虚拟现实所产生的各种预案；各监控项目的监控指标及指标体系；评判规则与标准；监测数据误差限值；专业规律指标；专家知识经验；法规，行业规程、规范的有关条款等；人力资源的基本信息；后勤物资的基本信息；专家定位信息等进行统一管理，同时提供统计查询支持。